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1．改訂版の部数減少
前月，当社の主力商品が改訂ごとに部数を落としたと記した。この時期もそれぞれ改訂版を出したが，次のような大変厳しい結果となった。
・実験化学講座 第5版：2003～2005年刊行。各巻は「改訂4版」の5～6割の売行き。「初版」の2割に落ち込む。
・化学便覧 基礎編 改訂5版：2004年刊行。「改訂4版」の6割の売上。「初版」の2割。
・化学便覧 応用科学編 第6版：2003年刊行。「第5版」の9割の売上と健闘したが初版の2割。
・建築設計資料集成：2001～2004年刊行。1978～1983年に出版した「改訂版」の2割。
上記，主力商品だけでなく，準主力の便覧や辞典の改訂も苦戦した。
・応用物理ハンドブック：初版（1995）→第2版（2002）「初版」の4割。
・表面物性工学ハンドブック：初版（1987）→第2版（2007）「初版」の3.5割。
・標準化学用語辞典：初版（1991）→第2版（2005）「初版」の4割。
・水処理管理便覧：用水廃水便覧（初版，1973）→改題（水処理管理便覧）（1998）「初版」の2割。
・土木設計便覧：初版（1961）→新版（1998）「初版」の1割。
・ボイラ便覧：初版（1964）→新版（1997）「初版」の2割。
この時期に出した新刊の便覧・辞典（事典）も著しく芳しくなく初版をクリヤーできないばかりでなく刷本の償却に至った。
・丸善食品総合辞典（1998）／産業安全技術総覧（1999）／液晶便覧（2000）／電気自動車ハンドブック（2001）／光と化学の事典（2002）
しかしこの時期，すべてが厳しかった訳ではなかった。
・水の百科事典（20,000円，本体価格）（別掲）：1997年発行。
販路を図書館に絞ったもので，本書の前年に出た『森林の百科事典』の第2弾に当たる。予想を裏切って6刷に達した。
・化学物質毒性ハンドブック（全6巻）（別掲）：2000年発行。
セット価格330,000円（本体価格）という高額であったが初版を早期に売り切った。
2．紙媒体以外の出版の取組み
主力商品の部数減少に直面して拱手傍観していた訳ではなかった。当社では1989年にEVAN（装置材料寿命予測）という計算ソフトを販売したのが最初で，その後MECHA-TOOL（機械設計）やPRODECE（化学工学）を販売した。しかし，当社には編集を手掛けるスキルはなく販売部数も小規模にとどまった。いずれも媒体はフロッピーディスク，対象機種はNECのPC-9800，9801シリーズであった。
CD-ROM出版に取り組んだのは1996年『理科年表CD-ROM』が初めてで，この時期のCD-ROM出版としてはこの他『気象データひまわり』『日本列島の地質』『学術雑誌総合目録』などがあるが，いずれも編集にはコミットしていない。
1999年に『実験化学講座CD-ROM』を出した。『理科年表CD-ROM』と『実験化学講座CD-ROM』はいずれも好調でCD-ROMからWeb版へと発展して実績を上げることができた。
しかし，CD-ROM→Webにつながった蔵版は2点以外になかった。この時期に目先の売上を求めることだけにエネルギーを注力し，他の多くのタイトルで蔵版の電子化とその普及にチャレンジする努力を怠った。
※追記 現在、理科年表の大正14年の創刊から最新年度版までの膨大なデータにアクセスできる『理科年表プレミアム』と実験化学講座などを収載した『化学書資料館』という後継のWebサービスにそれぞれ移行しています。
詳細はこちらから
理科年表オフィシャルサイト
化学書資料館
3．医書の健闘
小社の柱であった既存のタイトルが厳しさを増す中で，医書は新刊・既刊ともに好調でこの時期から医書が蔵版の中で大きな位置を占めるようになった。新刊では
『オックスフォード・生理学』（2001年）『ネッター・解剖学図譜 学生版 第2版』（2001年）『カッツング・薬理学』（2002年）『トートラ・人体解剖生理学』（2004年）などを出した。これらは単価が高く重版に至らなくても大きな売上を上げうるポテンシャルをもっていた上に，いずれも販売は好調であった。
既刊では『ハーパー・生化学』のイラストを増やしてスリム化した『イラストレイテッド ハーパー・生化学』（2003年）や『医科生理学展望』から書名を変えた『ギャノング・生理学 原書21版』（2004年）が改訂をしても理工系蔵版とは違って部数を落とすことはなかった。
水の百科事典
高橋裕・久保田昌治ほか 編
A5判，898ページ，1997年発行，20,000円（本体価格）
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これまで高額・大型の蔵版は学協会や会員組織をもつ団体を編集母体とし，そこに所属する会員がベースの購入者となることを想定していた。しかし，改訂ごとの部数減少に歯止めがかからず，これまでとは別の読者層を狙った企画が求められた。
全国の学校・公共図書館に巡回販売を行っている出版社10社からなる日本ライブラリー出版会に当社が初めて参加したときに，当社の担当営業から朝倉書店（会員ではない）の『百科事典』が各図書館に実によく蔵書されているので当社でも市民向け『百科事典』をつくったらどうかという提案があった。この言葉が本書の1年前に出版された『森林の百科事典』を初めとして，その後陸続と出る『○○の百科事典』のきっかけとなった。
市民向けレファレンスを目指すため身近なテーマにすることを決めて，木（森林）・水・火・金・土の中国の五行に倣ったラインアップとしたが，『火』と『金』（『金属』）は1999年に，『土』はずっと後（2014年）に出版された。『金属』は好評であったが『火』と『土』は厳しかった。テーマと刊行時期が売行きを大きく左右することが，この事例からも窺える。
『水の百科事典』は予想を超えて6刷に達し，前年に出した『森林』も同様に好調であった。その後，『通信』『エネルギー』『リサイクル』『安全』『食料』『繊維』『海』『ごみ』などが刊行され，直近10年は人文・社会系を中心に旺盛な出版がつづいている。
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理科年表CD-ROM
国立天文台 編
1996年1月発行，CD-ROM1枚＋取扱説明書，25,000円（本体価格）
『理科年表』の創刊は1925年（大正14）で1943年（昭和18）までは東京天文台から払い下げを受けて当社が販売していたが，1947年（昭和22）から蔵版となって現在に至っている。
本CD-ROMは1925年～1995年の『理科年表』のすべてを1枚のCD-ROMに搭載して，数値データはエクセルで，画像は画像ソフトなどでダウンロードできるようにしたもの。書籍にはないカラー画像の搭載，数値データのグラフ化，各種データの長期にわたる推移の作成，ウインドウズ，マッキントッシュのいずれでも使えることなどをセールスポイントにした。
本CD-ROMは予想を超えて6刷となり，同年11月に書籍と同時に出した『理科年表CD-ROM 97』も5刷を数えた。『97』から前年版も購入されたユーザー向けに13,000円の継続版を新版と同時販売した。新版の価格は『97』からずっと26,000円であった。『2000』～『2004』は継続版を9,000円に下げたが，この頃からCD-ROMに陰りが出てきた。『2005』と『2006』は継続版を15,000円に上げたものの，この時代の電子出版はCD-ROMではなくなっていた。2006年までCD-ROMをつづけ2007年にWeb版（『理科年表プレミアム』）に発展解消した。
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実験化学講座CD-ROM
日本化学会 編
CD-ROM本文5枚＋検索ROM1枚＋取扱説明書，1999年発行
スタンドアローン30万円，LAN（1サイト）60万円（いずれも本体価格）
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『実験化学講座』初版～第4版の全112冊，57,000ページを5枚のCD-ROMに画像として搭載し，検索ROMから該当のページを検索できるもので，画像はプリントアウト，コピペができる。『実験化学講座』は改訂ごとに内容が高度になりまた洗練されて，当初の泥臭さ（実験装置，測定機器，分析機器の乏しかった時代の実験の工夫や原理の丁寧な説明など）が失われたという指摘があり，絶版となって手に入らない旧版に対するニーズが強かった。
旧版の復刊は書籍の形態では商業出版として成り立たなかったが，1997年に『マルクス・エンゲルス全集』（全53冊，大月書店）CD-ROMが出版されマスメディアに取り上げられて話題になった（記事を読んだとき「これだ！」と興奮した）。大月書店に教えを乞いに行き実現への道が拓けた。
画像データのチェックもそれなりに負荷がかかったが，「検索ROM」の作成が圧倒的に大変で，当初の見通しの甘さを痛感させられることになった。当初は「総索引」と各巻の索引をエクセルに入力すれば済むと考えていたが，それではヒット数が少なすぎることが分かり，全57,000ページに当たって一から索引を引き直す作業（キーワードにマーカーを引く）を行った。これを印刷所でエクセルに入力してもらい，そのプリントアウトを校正する予定だったが，読みが無茶苦茶（原綴りの固有名詞など印刷所で読めるはずがないし，接頭語を読む場合と無視する場合などがあって化学の基礎知識が必要）で印刷所が音を上げた（当時は印刷所にもパソコンがわずかしかなかった）。そこで，社内で作業することにしたが，その作業量の膨大さと社内のパソコンの少なさのため悲惨な状態に陥った。それを乗り越えたのは当時まだ若かったメンバーの頑張りのほかにはなかった。社内でパソコンの調達に歩き貸してくれるよう頭を下げたもののほとんど拒否された。しかし，なかには快く貸してくれる社員もいたことを付記しておく。
本CD-ROMの個人向けのスタンドアローンは，まず「検索ROM」で目次かキーワード検索で該当のCD-ROMの巻を検索して，一旦「検索ROM」を外して新たに該当の巻のCD-ROMをドライブに挿入する（複数の巻の場合はその操作は一度では済まない）という使い方なので使い勝手が大変悪かった。そのため売行が心配されたが，スタンドアローンとLANを合せて1億円近い売上に達した。
2007年からは『化学便覧 基礎編』『同 応用化学編』『標準化学用語辞典』を加えてWeb版（化学書資料館）として発展解消した。
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化学物質毒性ハンドブック（全6巻）
内藤裕史・横手規子 監訳
B5判，各巻350～500ページ，1999年12月～2000年2月発行，
各巻55,000円（本体価格）
本書は“Patty’s Industrial Hygiene and Toxicology”4th Ed.（1993）の翻訳で，趣旨，概要，特徴が監訳者の「序文」に委曲を尽くして述べられている。以下，この「序文」の抜粋と，出版の経緯を記す。
本書の原書は全10冊，9,000ページという大部なもので，本書はそのうちの毒性・中毒のパートの6冊，5,000ページを翻訳した。5,000ページもの翻訳を手掛けた理由が「序文」に述べられている。すなわち，①わが国に化学物質の毒性に関する質・網羅性・情報の新しさの三つを備えた良書が少ないこと，②サリン事件，ヒ素カレー事件，特定フロン，内分泌攪乱物質など馴染みのない化学物質の脅威が身近にあり，正確・詳細・網羅性・理解しやすい情報源が必要とされていることの2点から翻訳に取り組んだと記されている。また，本書の特色の第一として原書より正確であることが強調されている。原文献に当たってさらに原著者に確認した原書の疑問点は1,000ページに及んだことがあげられている。特色の第二は中毒学・毒性学の詳細な用語集（B5判，90ページ）を作成したことで，この用語集は本書に挿入した「用語集ご希望の読者の方へ」というチラシを当社に送ってもらって購読者に提供した。
本書の訳者は中毒学・毒性学の専門家ではなく専門家は監訳者だけであった。そのため，翻訳がスタートしてから月1回当社に集まって，自信がないあるいは不明な箇所を持ち寄って監訳者に質問するという会合を重ね，また，日々メールや電話で疑問点をぶつけ合うという地道な作業の結果，訳文が完成した。こうした経緯が「天声人語」に紹介されて話題になった。
本書は化学物質のリスクがクローズアップされていた時代状況が追い風となって，セットで330,000円という高額にもかかわらず初版を早期に完売できた。二匹目の泥鰌を狙って，『化学物質毒性ハンドブック－臨床編Ⅰ・Ⅱ』（2002年，2003年，各88,000円）を出したが，これは見事に失敗した。
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オックスフォード生理学
植村慶一 監訳
B5判，584ページ，2001年発行，9,800円（本体価格）
本書は“Oxford Core Texts Human Physiology－The basis of Medicine”（1999）の翻訳で，「本書の特徴は、生理学の全範囲をカバーしながら詳細にわたることを避け，従来とは異なった視点から基礎的な説明に重点をおいた点にあり、簡潔，明解な記述は、カラーを駆使した多くの図表と共に読者の理解を助ける」と「翻訳まえがき」で述べられている。
当時、生理学教科書といえば『標準生理学』（医学書院）で，1,000ページ超の大部なものであった。丸善の『医科生理学展望』（現『 ギャノング生理学』）も900ページであった。モノクロ，網羅的、詳細な解説が主流であった当時に「簡潔、明解、多数のカラー図が説明を補う」という新しいコンセプトで本書は登場し，本邦でも通用することを示した。
各章には「学習目的」「要約」「ボッククス」「多肢選択問題」などが配され、学生たちを導いた。また、原著者（Gillian Pocock）の意志でURL上にすべての図が公開されていて、ダウンロードし、講義で活用できることを告知した画期的な試みも功を奏した。
当時、カラー印刷のコストは高く，重版時には引き合わないというのが通念で，カラー企画には反対意見が多かった。本書は好評を得て3刷となり，『原書2版』（2005年）は4刷，『原書3版』（2009年）は5刷に達し，現在は『原書4版』（2016年）が刊行されている。現在では普通になったカラー教科書の扉を開いたのが本書ということができる。
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トートラ 人体解剖生理学
佐伯由香・黒澤美枝子・細谷安彦・髙橋研一 編訳
B5判，644ページ，2002年発行，6,900円（本体価格）
本書は“Introduction to the Human Body－The Essential of Anatomy and Physiology” 5th Ed.（2001）の翻訳。原書は“Principles of Anatomy and Physiology” 9th Ed.（2000）のコンサイス版で親版の“Principles of Anatomy and Physiology”もその10版を2004年に『トートラ 人体の構造と機能』として出版した。
本書は看護，理学・作業療法，薬学などの医療関係の学生のための教科書で，その特徴はわかりやすいカラーの解剖図（当社の編集者はエレガントと称していた）が全体の中のどの部分のものか，どの方向から見た図なのか分かるように描かれていることと，各器官がホメオスタシス（恒常性）の維持にどのように関わっているか他の器官との連携が解説されていることで，この2点が医師以外の医療専門職を養成するための機関のテキストとして受け入れられた。
本書は刊行当初から好評で3刷となり，つづいて『原書6版』（2004年）は5刷，『原書7版』（2007年）は5刷と，2～3年おきに原書の改訂と合わせて翻訳版を出し，現在は『原書10版』（2017年）を刊行している。
また，本書を核に上記の『トートラ 人体の構造と機能』『ボディセラピーのための トートラ 標準解剖生理学』『トートラ 解剖学』を出版しており，とくに『トートラ 人体の構造と機能』は各版が重版を重ね現在は『第5版』を刊行している。
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丸善 丸の内本店 開店
平成16（2004）年9月14日、東京駅丸の内側の再開発エリアの商業施設、丸の内オアゾに、当時日本最大級の面積を誇る丸の内本店を開店した。ショップコンセプトを「Book Museum」とし、「本・文具を中心にことばの芸術に触れ、心が豊かになれる空間づくり」を目指した。1 階から4 階の延べ1,750 坪の売場は、和書、洋書、文具、カフェ、ギャラリー等で構成され、和書のロケーション検索機（キオスク端末）も設置された。
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